Né de la Cellule d'Hydrobiologie créée en 1988, le département EVA a connu une belle croissance et compte aujourd'hui plus de 60 chercheurs et techniciens. Le département s’est développé en se faisant l’écho des enjeux majeurs du développement durable, en particulier sur le plan national. Depuis près de vingt ans, le département entend accompagner les acteurs impliqués dans la mise au point d’un système de gestion durable des ressources et des risques naturels.
En 1995, les activités de la Cellule d'Hydrobiologie s'étendent au domaine des biotechnologies et prend le nom de « Cellule de Recherche en Environnement et Biotechnologies » (CREBS). Rebaptisé « Environnement et Agro-biotechnologies », le département se caractérise aujourd'hui par des démarches thématiques et pluridisciplinaires. La nature de ses objets de recherche conduit à faire appel aux sciences du vivant et aux sciences de la terre, ainsi qu'à long terme, de plus en plus aux sciences de l'homme et de la société. EVA a ainsi développé un pôle de compétence pluridisciplinaire dans les secteurs « environnement » et « agro-biotechnologies », suivant quatre axes stratégiques de développement et d'innovation :